Meine Kol­le­gen fahren ger­ade total auf Zotero ab. Zotero ist ein Plu­gin für Fire­fox das einem erlaubt direkt aus Web­sites Zitate zu ziehen. Was ich bis jetzt davon gehört und gese­hen habe schaut echt gut aus. Es gibt wohl auch eine “cite-as-you-write”-Einbindung in MS Office und OpenOf­fice. Zotero spe­ichert seine Daten lokal in einer SQLite-Datenbank ab, daher sollte auch der Trans­port der Bib­lio­theken keine große Sache sein.
Ich habs mir auf alle Fälle schon mal instal­liert und werde es dann dem­nächst mal anschauen. Bin mal ges­pannt ob Zotero auch BibTEX-Daten erstellt, sonst nutzt es mir wohl rel­a­tiv wenig und ich bleib bei JabRef
Ach ja: Zotero soll auch mit Word­Press zusam­me­nar­beiten :)

[EDIT]: Zotero kann Bib­TEX importieren und exportieren. Soweit ich das nach 30 min flüchtigem testen sagen kann: Tolle Erweiterung! Macht Spaß und Lust auf mehr. EndNote-Exporte aus Web­siten (z.B. Pubmed) klaut sich Zotero automa­tisch (mal mit den Standardeinstellungen).