Argh...was schreib ich denn? » Studium/Promotion

Endlich wieder was zu tun

schmart — Wed, 27 Feb 2008 15:26:14 +0000

Schrieb ich doch vor ein paar Monaten, dass ich ab dem 1. Februar meine Promotion beginne und schreibe sonst nichts mehr dazu. Irgendwie kam ich seit dem 1. Februar kaum zum bloggen. Viel neues gab es nicht und ich war auch eher mit lesen beschäftigt.
Seit dem 1. Februar 2008 bin ich also Mitglied des Graduiertenkollegs “Viren des Immunsystems” (GRK1071) und widme mich HHV-8. Na ja, eigentlich ist widmen zu viel gesagt. Die letzten paar Wochen bestanden hauptsächlich aus lesen von Papern und der gleichen. Seit Anfang dieser Woche bin ich aber endlich auch wieder im Labor tätig. Ist auch mal wieder ein schönes Gefühl.
Der Umzug nach Fürth verlief problemlos, da ich ja zu Jeannine ziehen konnte. Die Wohnung ist fertig eingerichtet, echt schön und gut gelegen. Bei Gelegenheit werde ich mal ein paar Fotos machen und online stellen. Leider war in Erlangen selber für Jeannine nichts zu finden, da sie schon Ende Oktober dringend eine Wohnung suchte. Fürth ist ziemlich günstig (zumindest im Vergleich zu Erlangen) und wenn man sich mal daran gewöhnt hat von jedem Ein~~geborenen~~heimischen schief angeschaut und gefragt zu werden wieso man denn ausgerechnet nach Fürth gezogen sei, dann wohnt es sich da auch nicht schlecht. Die Pendeli geht, solange die Züge fahren, auch ohne größere Probleme. Morgens bedeutet das kanpp mehr als 30 min zur Arbeit nach Erlangen. Abends geht es meist ein wenig länger weil der Weg zum Bahnhof in Erlangen nicht so gut einzuschätzen ist.
Alles in allem bin ich mit der Stelle glücklich, freue mich wieder was zu tun und habe auch angefangen japanisch zu lernen. Da bin ich ja mal noch gespannt wie weit ich damit kommen werde ^^.

Abgegeben und Reisevorbereitung

schmart — Tue, 31 Jul 2007 18:53:31 +0000

FREU! Heute habe ich meine Diplomarbeit abgegeben! Jetzt heisst es nur noch auf das Zeugnis warten und dann bin ich Diplom Biochemiker. *g* Bin ja schon mal gespannt wo es mich zur Promotion hinverschlägt. Momentan habe ich da noch keine so genaue Vorstellung. Aber jetzt steht ja auch erst mal der Flug zu Jeannine nach Japan an. Sobald ich aber wieder in Deutschland bin, werde ich wohl anfangen gezielt nach Stellen ausschau zu halten.
Und wo ich gerade schreibe, dass ich nach Japan fliege (schon in ein paar Tagen), muss ich gleich nochmal kundtun, dass ich na klar vorhabe hier auch ein wenig zu blogen. Da ich jedoch mit Jeannine auf Tour bin, kann es durchaus sein, dass vieles bei ihr im Blog zu finden ist.

Alles hat ein Ende

schmart — Fri, 06 Jul 2007 13:06:23 +0000

Wieder ein weiterer Schritt Richtung, hoffentlich erfolgreicher, Diplomarbeit geschafft! Seit gestern liegt meine Arbeit meinem Betreuer vor. Ich bin mal gespannt was er alles an Problemen und Kritikpunkten findet. Auf alle Fälle habe ich jetzt keinen Monat mehr um die Arbeit zu drucken und einzureichen. Mein Studium nähert sich also endlich (leider?) den Ende.

Je näher mein Abgabetermin rückt, desto näher rückt auch mein Flug nach Japan und zu Jeannine. Von daher kann ich meine Abgabe gar nicht mehr erwarten. Spätestens nach dem Japan-Urlaub geht dann der Stress aber von vorne los. Dann geht es los mit der Stellensuche. Na ja, ich hoffe jetzt einfach mal, dass die Diplomarbeit meine Diplomnote nicht total nach unten zieht und dann sollte sich da schon was finden lassen. Die große Frage ist nur wo. Vielleicht sollte ich einfach mal gezielt in bestimmten Städten nach einer Promotionsstelle im Bereich Biochemie suchen. Aber dieses Wochenende nehm ich mir erst mal komplett zum Entspannen. Nächste Woche beginne ich dann auch schon damit hier in Tübingen meine Zelte abzubrechen. Endgültiger Auszug aus dem Wohnheim Amselweg wird wohl irgendwann im September sein. Da ich aber fast den ganzen August nicht in Tübingen sein werde, kann ich einiges schon mal jetzt bei meinen Eltern einlagern.

Studiengebühren und Wohnheime

schmart — Mon, 02 Apr 2007 08:08:34 +0000

Ich wohne in einem Wohnheim in Tübingen. Als ich vor so ziemlich genau einem Jahr wieder nach Tübignen zog (ich war ein Jahr in München), da hatte ich Mitte März Probleme ein Zimmer zu finden.
Entweder haben WGs noch nicht gesucht, oder ich wäre ihnen zu kurz (ein bis eineinhalb Jahre) in Tübingen gewesen.
Daher hatte ich dann auch das Wohnheimzimmer angenommen. Obwohl ich sagte, nie wieder Wohnheim. Inzwischen bin ich sehr glücklich in den Amselweg gezogen zu sein, nicht nur, weil ich Jeannine dort kennenlernte. Das Wohnheim selber ist auch ganz in Ordnung, mit den meisten Leuten kann man klar kommen, nur das Gebäude selbst könnte mal eine Generalüberholung vertragen.

Als ich für das Zimmer zu sagte, da waren noch zwei Zimmer frei. Jetzt ist Anfang April und es sind noch vier oder fünf Zimmer frei! Also entweder machen wir alle, das Haus oder sonst was einen sehr schlechten Eindruck oder es ist was anderes. Heute früh im Bus kam mir dann die Erleuchtung:
Könnte es sein, dass einfach weniger anfangen zu studieren? Und diejenigen, die studieren, die haben es nicht nötig in ein Wohnheim zu ziehen, weil das Geld für mehr auch reicht, oder weil sie zu verwöhnt sind, oder weil es noch ein großes Angebot an anderen Zimmern gibt?

Es wäre schon lustig, wenn die Studiengebühren der Uni dem StuWe in Bein schießen würden. Weniger Studenten, weniger Geld. Leer stehende Wohnheimzimmer, weniger Mieteinnahmen aber auch weniger Nebenkosten. Eigetnlich warte ich nur noch darauf, dass eine Mieterhöhung kommt um wieder mehr Geld einzunehmen.…

SAGM: preservation for RBC

schmart — Fri, 02 Mar 2007 14:47:43 +0000

Just starting to write my diploma thesis I was searching for a recipe of SAGM. After searching about 30 minutes in the Internet I decided to ask Noemi. Thanks to Noemi I can publish this recipe for SAGM solution.

For 100 ml of SAGM take

0.900 g Dextrose (monohydrate)
0.877 g NaCl
0.0169 g Adenine
0.525 g D-Mannitol

and dissolve it in water.

But for what are these additives good for?
In SAGM RBCs can be stored up to 42 days. It contains S = saline, A = adenine, G = glucose or dextrose, M = Mannitol. NaCl is responsible for the right osmolarity. Adenin iinfluences the ATP level in RBCs. Glucose or dextrose is essentialy for the nutrition of RBCs. Mannitol decreases the lysing rate of RBCs by supporting the integrity of the cell membrane.

Technorati Tags: SAGM SAG-M S.A.G.M. biology blood RBC

Meine wohl letzten Tage im StudiVZ

schmart — Wed, 28 Feb 2007 18:36:53 +0000

Nachdem ich gestern im StudiVZ mit einem tollen Text aufgefordert wurde meine Mail-Adresse zu bestätigen und dadurch mein Passwort zurück zu setzen, läuteten schon mal alle Glocken. Was war passiert? Auf der selben Seite stand, dass es einen Angriff auf die StudiVZ Datenbank gab.
So etwas kommt vor. Keine Frage. Was mich irritierte: War das VZ nicht erst letztlich offline wegen Sicherheitsproblemen und deren Behebung? Wieso gab es nicht mehr Informationen? Ich war mir noch nicht mal sicher, ob da jemand die Domain geklaut hat wie letztlich bei google. Also ran an die Taste, E-Mail geschrieben (erst mal ne Kontaktadresse gesucht — gefunden habe ich sie dann im Impressum, nicht etwa bei Kontakt).

Hallo studiVZ,

was ist da los? Ist das ein Fake? Oder was ist da wirklich passiert? Wie begründet ist der Verdacht? Ein wenig mehr Information wären schon angebracht. Wie soll ich denn nun wissen, ob da nur einer Eure Seite nachgebaut und eure Domain irgendwie darauf umleitet?
Ich bitte Euch um schnelle Antwort, da ich vorher meinen Zugang nicht wieder freischalten werde.

Viele Dank schon mal,
Martin
–
http://blog.schmart.de
http://www.schmart.de

Ab an vorzimmer@studivz.net. Kurz danach las ich dann bei heisse-online, dass es eben einen Angriff auf die Datenbank gab, dass sich aber wohl keiner in das VZ mit den gestohlenen Daten einloggen konnte. Nebenbei wurde na klar auch noch die privaten Daten gestohlen.

Der Entschluss das VZ zu verlassen reifte so langsam. Nach einem Gespräch mit einem Bekannten machte es dann auch “klick”. Wenn die wirklich Angst haben, dass sich jemand mit den Zugangsdaten einloggen könnte, sind die dann überhaupt verschlüsselt? Bei Unix/Linux ist es gang und gäbe, dass Passwörter verschlüsselt gespeichert werden. Der Vergleich des eingegebenen Passworts und des gespeicherten läuft wie folgt: Das eingegebene wird verschlüsselt und dann werden die beiden Werte miteinander verglichen.
Wenn es also so auch im VZ geschieht, dann bräuchten die keine Passwörter zurücksetzen. Speichern die etwa Passwörter als Klartext?
Keine Ahnung, ich für meinen Teil habe mich mal entschlossen, dass ich mein Konto im VZ in den nächsten Tagen erst mal lösche. Es hat einfach keinen Sinn. Die Benutzerfreundlichkeit ist realtiv bescheiden, die Sicherheit scheinbar auch. An der Entscheidung ändert auch die Antwort aus dem “Vorzimmer” nichts:

Hallo Martin Schmidt,

hier eine Erklärung zu den Ereignissen des gestrigen Tages:

Was ist passiert?

Gestern im Laufe des Tages hat es einen Angriff auf die Datenbank von studiVZ gegeben. Jemand hat Namen, Mailadressen, Zugangsdaten und Freundschaftsverbindungen illegal aus der studiVZ-Datenbank auslesen können.
Wir gehen davon aus, dass es dem Angreifer in der relativ kurzen Zeit nicht möglich war, die Passwörter zu nutzen, um sich unbefugten Zugang zu deinem Account zu verschaffen.

Wir nehmen den Vorfall sehr ernst und haben deshalb auch Strafanzeige gestellt.

Wir haben in den letzten Monaten viel unternommen, um die Sicherheit bei studiVZ zu verbessern. Dass es nun trotzdem zu so einem Angriff gekommen ist, trifft uns. Vor allem aber möchten wir uns bei dir entschuldigen.

Wir werden unser Sicherheitskonzept nun noch mal nach Verbesserungsmöglichkeiten überprüfen und weitere Maßnahmen zum Schutz deiner Daten ergreifen.

Warum muss ich mein Passwort ändern?

Dein Passwort ist auf unserer Datenbank in verschlüsselter Form abgelegt. Wir müssen aber davon ausgehen, dass es dem Angreifer gelingt, die Passwörter zu entschlüsseln. Deshalb mussten wir schnell handeln und haben alle Passwörter zurückgesetzt. Mit dem neuen Passwort kannst du das studiVZ wieder normal nutzen.

Benutzt du dein studiVZ-Passwort auch für andere Dienste? Dann solltest du diese Passwörter sicherheitshalber auch ändern. Generell empfehlen wir dir, komplexe Passwörter zu verwenden, die aus Zahlen und großen und kleinen Buchstaben bestehen. Verwende auch unterschiedliche Passwörter für unterschiedliche Dienste.

Was ist mit meinen Daten?

Wir wissen derzeit noch nicht, wie viele Profile betroffen sind. Wir gehen davon aus, dass keine weiteren Daten als die oben stehenden eingesehen wurden.

Schier wäre die Mail im Papierkorb verschwunden.
Der Absender war: OTRS System
Der Betreff: : [Ticket#2007022710022311] Meldung: Sicherheitsmassnahme â?? bitte neues Passwort erstellen:

Scheinbar speichert das VZ die Passwörter nicht im Klaretext, aber wohl mit einer realtiv geringen Verschlüsselung oder einem einfachen Algorithmus. Jeder, der schon mal sein root-Passwort für ein Linux-System verlegt hat, weiß dass es auch anders möglich ist.
Meine Bitte daher: Geht ein wenig verantwortungsvoller mit unseren Daten um! Ein wenig Paranoia soll da gar nicht so verkehrt sein!
Ich für meinen Teil geh jetzt erst mal aus dem studiVZ raus. Vielleicht schau ich ja später nochmal rein.

Dinge die man sich aufschreiben sollte.…

schmart — Mon, 26 Feb 2007 14:39:13 +0000

Scheinbar wird man nicht nur älter, sondern auch vergesslicher und zerstreuter. Da hat man einen Rechner mit Windows NT auf der Arbeit endlich mal wieder virenfrei und freut sich, kommt jemand auf die Idee den MS Internet Explorer zu verwenden (obwohl er gut versteckt ist) und zack, hat man wieder die ersten Virenwarnungen.

Trotz Firewall und Antivirus, Hijack-This, S&D kommt da immer wieder was über den MS IE drauf. Keine Ahnung wie.….
Blödes Problem, einfache Lösung. Da ich Sonntag eh mal wieder nach meinen Parasiten sehen musste, konfigurierte ich die Firewall so, dass der MS IE keinen Zugriff mehr auf das Internet hat.

Montag:
Ich komme ins Labor, eines der ersten Dinge, die ich höre: “Der Rechner da kommt nicht mehr ins Netz!” Klar war es mal wieder mein “Liebling” der Win NT Rechner.

Erster Gedanke: Das ZDV wird die IP mal wieder gesperrt habe, wegen Virenbefall.
Zweiter Gedanke: Wo bekomme ich eine Liste mit den gesperrten IPs her?

Ich also fröhlich am Suchen, kommt mir der rettende Einfall: “Das war doch der MS IE!“
Nix wie ran an den Rechner, Firefox gestartet und es lief.

Vielleicht sollte ich mal Post-Its kaufen. Obwohl, wahrscheinlich vergess ich dann die Dinger aufzuhängen *g*

Putting sequences together

schmart — Sat, 17 Feb 2007 12:39:46 +0000

Sometimes it is a problem to open many seqeunces in one worksheet to analyse them. For examlple you have sequence data and try to open them in one worksheet in Bioedit. You can copy every sequence by copy&paste in one file or one worksheet or you can use a little helper who will do it for you. Here is one very simple helper written in Perl.
Basicaly you invoke it with an argument defining a file pattern, *.seq defines all files ending on .seq. The files should be text files. The script now reads the file contents and put the contents together in a file called sequences.fasta.
Let say you have the files 1.seq and 2.seq in one directory:

1.seq:

aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa
cccccccccccccccccccccccccccccccccccccc

2.seq:

ttttttttttttttttttttttttttttttttttttt
ggggggggggggggggggggggggggggggggggggg

Invoking appendseq.pl with *.seq as argument will produce the file sequences.fasta containing:

>1.seq
aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa
cccccccccccccccccccccccccccccccccccccc

>2.seq
ttttttttttttttttttttttttttttttttttttt
ggggggggggggggggggggggggggggggggggggg

The original filenames are at the beginning of the sequence behind > and define the name of the sequnce. The resulting file should be FASTA compatible.

You can download appendseq.pl here.

Freeware for the Lab!

schmart — Thu, 08 Feb 2007 20:00:12 +0000

Just reading in a StudiVZ-Group about freeware for biochemistry brings me to the idea to post this:

Biobar Add-On für Mozilla Firefox:
Search in Pubmed, NCBI-Databases, EBI-Databases right from your Browser. No need to surf to the webfrontend of the service.

Labplot für Linux (KDE):
Like Origin. You can use Labplot for regression analysis, creating graphs from data and many more. Only for Linux!

LaTex and Lyx:
Textprocessing another way. Not WYSIWYG but WYSIWYM. Get information at http://www.lyx.org/ and here LaTeX@Wikipedia
Give it a try, it’s easier than you think!

BioEdit:
I guess one of the most used sequence alignment editor for Windows. It works also with Linux, just run it with wine.

Gimp:
Not as good as Adobe Photoshop but Gimp is free Software. Maybe it doesn’t look like a Windows Application you are used to but give it a try. The new version should be great, you can try it if you use the 2.3.x Development Release and not the 2.2.x Release.

If you knew other freeware for the lab post a comment.

Technorati Tags: freeware scientific biology

Styles, Formats and Indexes in Open Office 2.1

schmart — Fri, 02 Feb 2007 13:03:01 +0000

Ever got fed up with changeing every headline in your document by hand? Ever got fed up with update your table of content by hand? Yes? So here is a (very) short howto use OpenOffice.org Writer for doing this for you.
I decided to write this only for OpenOffice for two reasons. First OpenOffice ist OpenSource and works with more than one Operating System (for me I can’t use MS Office because I’m using Linux). Second the idea behind Styles and Formats are the same for the most Office-Software.
The first thing you have to do is to install OpenOffice on your system. Download it here.

Styles and Formats

Now lets start. At the beginning there is an empty text document. If you don’t have already one create it with [ctrl+n] or with the file-menu file->new. Everytime you have to open an entry in a menu I will write it like this menu->entry.

Check if you have the “Styles and Formats”-Toolbox open. If not, go to Format->Styles and Formats or press [F11]. Click into Headline 1 (don’t select it).

Write those lines in your document:
Styles and Formats
a short how to use them with Open Office 2.1
Headline 1
Headline 2
Headline 4
normal text

Now double-click on Headline 1 in your “Styles and Formats”-Toolbox. Do this for the other headlines as for headline 1 but select the matching type.
To format the first two lines select “Chaptertemplates” from the pull down menu you can see on the upper picture. There you set the first line to “Title” and the second line to “subtitle”.
Now you should have something like this:

Maybe you ask why to do this in that way. What would happen if you have to change the format of your headlines? If you use Styles and Formats you only have to change the template and every text with the according type will use the new parameters. In the upper picture you can see a dialog for changing the style and format for the Heading 1 template. You can open this dialog by right-clicking on “Headline 1″ in you “Styles and Formats”-Toolbox and selct “change”. Now you can change the font-type, size, familily, style, the alignment and much more.
This should make the work with large documents much easier.

And here is another reason to use “Styles and Formats”. If you have to make a Table of content now the programme do the work for you!

Creating a TOC

Use the document from above and try to create a TOC. First open Insert->Indexes and Tables. Now a dialog like this should appear:

The left part of the dialog shows you am preview of the TOC. The right part allows you to change the appear of the appearance of you TOC. For the fist time just use the standard options — later you can play with them arround to get used to the dialog. Click on OK. OpenOffice will insert the TOC at the cursors position.

As you can see here the TOC is gray. The gray color stands for special fields inside a text. Now just right click into the gray text. A context menu will open. One option is: “Update Index”. So if you have written new text or changed the structure of your document just click on “Update Index” and the TOC should be up to date.

I hope this short howto helped you a little bit. For MS Office it is nearly the same (I guess and hope). Maybe the names of the dialogs and menus are different. If you wan’t to know more or if you habe ideas for other topics just post a question (after registering).

Have fun!